Căn cứ trên chỉ tiêu tuyển sinh theo đề xuất của các trường, Bộ GD&ĐT đã tiến hành thẩm định và quyết định tặng chỉ tiêu tuyển sinh ĐH hệ chính quy là 256.552 người, tăng 4,5% so với năm 2008. Hệ cao đẳng là 245.835 chỉ tiêu, tăng 13,5% so với năm 2008. Hệ đào tạo đại học vừa làm vừa học, bằng hai, liên thông là 268.755 chỉ tiêu, tăng 8,8% so với năm 2008; riêng chỉ tiêu đào tạo từ xa giảm 15% so với năm ngoái, chỉ còn 85.900 chỉ tiêu. Hệ đào tạo cao đẳng vừa làm vừa học, liên thông 110.000 chỉ tiêu, tăng 23% so với năm ngoái.

Trong quá trình thẩm định, Bộ GD&ĐT cũng cắt giảm hoặc không đồng ý tăng chỉ tiêu đối với hơn 40 trường ĐH, CĐ do vi phạm quy chế tuyển vượt 20% chỉ tiêu tuyển sinh năm 2008, năng lực đào tạo quá tải; gặp khó khăn trong tuyển sinh và cơ sở vật chất không đáp ứng nhu cầu đào tạo…

Những trường ĐH bị phát hiện tuyển vượt từ 20% trở lên chỉ tiêu tuyển sinh năm 2008 nằm trong danh sách các trường bị khấu trừ chỉ tiêu năm nay là ĐH Chu Văn An, Hùng Vương, Văn Hiến, Tây Đô... Ngoài ra, trường ĐH Nguyễn Trãi cũng bị giảm 400 chỉ tiêu so với đăng ký vì năm 2008 trường này chỉ tuyển được gần 20 sinh viên trong số 800 chỉ tiêu.